חמישה תלמידים היו לו לרבן יוחנן בן זכאי ואלו הן: רבי אליעזר בן-הורקנוס, ורבי יהושע בן-חנניה, ורבי יוסי הכהן, ורבי שמעון בן-נתנאל, ורבי אלעזר בן ערך. הוא היה מונה שבחם: רבי אליעזר בן-הורקנוס - בור סוד שאינו מאבד טיפה, רבי יהושע בן-חנניה - אשרי יולדתו, רבי יוסי הכהן - חסיד, רבי שמעון בן-נתנאל - ירא חטא, ורבי אלעזר בן-ערך - כמעין המתגבר... (פרק ב, משנה ט)

פירוש רבנו עובדיה מברטנורא:

בור סוד, גרסינן ולא בור סיד כלומר כבור טוח בסיד,  שאינו מאבד טיפה, כך הוא אינו שוכח דבר אחד מתלמודו. אשרי יולדתו, מאושר במידות טובות עד שכל העולם אומרים עליו אשרי מי שילדתו, ויש אומרים, על שם שהיא גרמה לו שיהא חכם, שהיתה מחזרת על כל בתי-מדרשות שבעירה, ואומרת להם בבקשה מכם בקשו רחמים על העובר הזה שבמעיי שיהיה חכם. ומיום שנולד לא הוציאה ערישתו מבית-המדרש, כדי שלא יכנסו באוזניו אלא דברי תורה. חסיד, שעושה לפנים משורת-הדין. ירא חטא, מחמיר על עצמו ואוסר עליו דברים המותרים מיראתו, שמא יבוא לידי חטא, דאם לא כן מאי רבותיה אפילו עם-הארץ אפשר להיות ירא חטא. מעין המתגבר, ליבו רחב ומוסיף פלפול וסברות מדעתו.

ביאור כ"ק אדמו"ר:

רז"ל אמרו שיש דמיון מסויים בין רבי יוחנן בן-זכאי למשה רבינו: שניהם חיו מאה ועשרים שנה שנחלקו לשלוש תקופות של ארבעים שנה. משה היה במצרים ארבעים שנה, ובמדין ארבעים שנה, ופרנס את ישראל ארבעים שנה; ורבי יוחנן בן זכאי עסק בפרקמטיא ארבעים שנה, ושימש חכמים ארבעים שנה, ופרנס את ישראל ארבעים שנה.

במשנתנו ניתן למצוא צד-השווה נוסף:

התורה, שנקראת "תורת משה", מחולקת לחמישה חומשים (וכן הלוחות שניתנו על ידי משה נחלקים לשתיים, כשבכל צד מצויות חמישה דברות); וכן תורתו של רבי יוחנן בן זכאי נחלקה לחמישה סוגים של תלמידים, וכל אחד מהם הוא כנגד אחד מחמשה חומשי תורה.

רבי אליעזר בן הורקנוס, שנקרא "רבי אליעזר הגדול", הוא כנגד חומש בראשית, כמאמר רז"ל "הגדולה - זו מעשה בראשית".

רבי יהושע בן חנניא, עליו אמר רבו "אשרי יולדתו", הוא כנגד חומש שמות, שבו מסופר על גאולתם של ישראל ממצרים, שנמשלה ללידה. קשר נוסף: רבי יהושע בן חנניא נהג להרבות בוויכוחים עם חכמי אומות העולם, ומסתבר שדווקא רבי יהושע בן חנניא עסק בכך להיותו "קרוב למלכות"; וזה קשור לוויכוחים שניהל משה - שגדל בביתו של פרעה - עם פרעה מלך מצרים, עליהם מסופר בחומש שמות.

רבי יוסי הכהן, הוא כנגד חומש ויקרא, שנקרא "תורת כהנים".

רבי שמעון בן נתנאל, היה "ירא חטא", היינו שפחד מעצם החטא והחיסרון, לא מעונש או מניעת שכר. וזהו כנגד חומש במדבר, שנקרא "חומש הפקודים", כי הדרך להגיע לדרגת "ירא חטא" הוא על-ידי מניין ומספר: כשאדם סופר תמיד את הימים שניתנו לו כדי למלא את שליחותו בעולם, אזי הוא מנצל את זמנו בשלמות, ללא "חטא" וחיסרון.

רבי אלעזר בן ערך, שהיה "כמעין המתגבר", הוא כנגד חומש דברים, שאמרו משה "מפי עצמו", היינו שעל-ידי שקיבל את ארבעת החומשים הראשונים מפי הקב"ה, נעשה "כמעין המתגבר" ואמר משנה-תורה "מפי עצמו".

(מהתוועדות שבת-קודש פרשת דברים ה'תשמ"ב - בלתי מוגה)